Khối Trung học cơ sở (THCS) tại Trường Liên cấp Lê Quý Đôn (xã Phú Lâm, thành phố Đồng Nai) dành cho các em học sinh từ lớp 6 đến lớp 9. Đây là giai đoạn chuyển mình quan trọng của các em, mở rộng kiến thức khoa học và hình thành nhân cách độc lập. Với phương châm "Kỷ cương - Tình thương - Trách nhiệm", khối THCS hướng học sinh tới sự chủ động trong tư duy, bản lĩnh trong hành động và có ý thức trách nhiệm với cộng đồng.

Chương trình đào tạo khối THCS được đầu tư bài bản, giúp học sinh phát triển năng lực tự học và nghiên cứu khoa học. Nhà trường đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin vào giảng dạy, giảng dạy tiếng Anh tăng cường, và tích hợp giáo dục STEM giúp các em tiếp cận với xu thế hiện đại. Đội ngũ giáo viên giàu kinh nghiệm luôn áp dụng các phương pháp giảng dạy tích cực, kích thích óc tìm tòi, sáng tạo của học sinh.

Các điểm nhấn trong chương trình đào tạo THCS:
- Học thuật vững chắc: Đào tạo kiến thức chuyên sâu các môn văn hoá, giúp học sinh tự tin vượt qua các kỳ thi chuyển cấp và đạt kết quả cao.
- Hoạt động trải nghiệm sáng tạo: Tổ chức định kỳ các chuyên đề ngoại khóa, ngày hội STEM, hội thao cấp trường và các cuộc thi học thuật bổ ích.
- Cơ sở vật chất hiện đại: Phòng thí nghiệm lý - hóa - sinh và thư viện thông minh đầy đủ tài liệu phục vụ nhu cầu tự tra cứu của học sinh.